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剧情：“霓虹灯创世纪福音战士电视03版”为了纪念《霓虹灯创世福音》从策划开始到2003年的10周年，这是由总司令庵野秀明、角川书店、世嘉、万代共同组成的新策划和制作。在“第二次冲击”袭击世界的大灾难之后，世界在废墟之上重建。年仅14岁的小男孩伊卡利真司被他的父亲伊卡利玄藤召去了第三个新东京。他以为他可以看到他的父亲迎接他，但看到了一个巨大的生物称为“使徒”与军队战斗。在一个危急的情况下，桂柳美里从特别探员NERV救了真嗣，并把他带到了光本堂。